與普通的腦磁激系統不同，Apollo Navigated TMS系統是配備精準的導航科技，配合數碼立體的腦成像功能，得出患者大腦的磁力其振成像(MRI)。

其影像將上傳到系統之中，令導航系統可以避免單靠猜測來設定需要刺激的大腦區域，而是針對性地瞄準特定的區域進行刺激，為患者提供最精準、最個人化、最有效和安全性極高的腦磁激治療。

相反，普通的腦磁激系統沒有配備導航系統，只能使用頭皮的特定測量值估量需要磁激的位置，要針對大腦其他部位就更加困難。所以沒有配備導航的腦磁激系統會有更高的誤差，可能未能達到理想的治療效果。

在治療抑鬱症上，腦磁激技術早在2008年已經通過美國食品藥物管理局(FDA)的安全認可。大量大規模的臨床研究而證明腦磁激是一種無創並且有效的抑鬱症治療，安全性極高。現時，用以腦磁激技術治療腦退化症(Alzheimer’s Disease) 已申請美國食品藥物管理局的安全認可(Pending FDA-approval)，相信會在年底有結果。

用腦磁激技術來醫治其他精神科或神經系統疾病，例如焦慮病症、神經性疼痛、腦中風、耳鳴及腦中風康復治，大部份都有臨床研究證據支持。

一般治療時間連同所有預備工作大約在25－40分鐘內完成。患者會舒適地坐在椅子上，治療中心會播放音樂和影片令患者放鬆，患者全程保持完全清醒和知覺。 

在腦磁激治療過程中，患者不會感受到很大的痛楚。患者會感受到儀器在頭皮上有輕微的輕敲感，少數患者會感到輕度的頭皮壓痛，但這些感覺在療程期後就會很快消失。

在程序結束後，患者可以立即恢復正常活動。

大量臨床研究證明，腦磁激耐受性極強，幾乎沒有任何副作用。少數患者可能會出現暫時的副作用，包括頭痛，頭皮不適，頭暈和頭皮發麻。這些通常是輕微的頭痛並且會在治療過程中減少。 非處方止痛藥也可用於減輕這些頭痛。

腦磁激與許多由抗抑鬱藥物引起的副作用無關，例如胃腸道不適、口乾、性功能障礙、體重增加或鎮靜。

在極少數的情況下(機會率大約是0.1%)，患者可能會出現短暫性癲癇，但本治療中心有專業醫療團隊作為支援，絕對可以處理這些情況。

腦磁激治療不會導致腦腫瘤或記憶損害。

腦磁激治療所使用的磁場其類型和強度與磁力共振技術(MR)相同，而MRI已在被全世界醫療界廣泛使用，數以千萬計的患者使用後但未有反映長期不良後果。

如果患者是在頭部植入了金屬裝置或頭部或在頭部周圍有不可移除的金屬物體，是不可以接受腦磁激治療。如患者有以下任何一種金屬植入物，都不適宜進行腦磁激治療：

• 顱內動脈夾或綫圈
• 位於頸部或腦部的支架
• 腦深層刺激器
• 用於監測大腦活動的電極
• 耳朵和眼睛中的金屬植入物
• 頭部或頭部附近的彈片或子彈碎片
• 使用金屬或磁敏墨水進行面部紋身
• 植入或靠近頭部的其他金屬裝置或物體

此外，有癲癇症病歷的人士亦不適合接受腦磁激治療。因為神經調節技術可能會給患者帶來癲癇發作的風險。 

在過往的臨床醫學研究中，一般患者每週接受3-5次的腦磁激治療，每次持續19-37分鐘，持續4-8週。

一般患者在治療的第4-6週，症狀就會開始得到緩解。在療程完成後，要根據精神科醫生及臨床心理學家的判斷去決定患者是否需要進行後續治療。

在過往的臨床研究中，腦磁激療法可以與抗抑鬱藥一起安全使用，並無不良後果。至於與其他精神科藥物的一併使用，暫時未有研究結果證實，但使用前請與你的精神科醫生商討。