很多研究仍然努力尋找關於益生菌如何幫助治療各種疾病的明確答案。

增加體內益生菌的數量（通過食物或補充劑）可能有助於改善的一些情況包括：

• 腹瀉
• 便秘
• 炎症性腸病
• 腸易激綜合徵
• 酵母菌感染
• 尿路感染
• 牙齦疾病
• 乳糖不耐症
• 濕疹（特應性皮炎）
• 上呼吸道感染（耳部感染、普通感冒、鼻竇炎）
• 敗血症（特別是嬰兒）

最近的研究表明，益生菌不僅可以改善腸道健康。 它們也可能間接地增強你的大腦。

研究顯示，腸道和大腦是相連的。 兩者通過消化道神經系統之間的生化信號聯繫起來。 腸道被稱為“第二大腦”，因為它產生許多與大腦相同的神經遞質，如血清素 (Serotonin)和多巴胺 (Dopamine)，所有這些都在調節情緒中發揮關鍵作用。 事實上，據估計 90% 的血清素是在消化道中產生的。 雖然改善腸道健康看似可以對大腦產生正面影響，但現階段我們需要更多的研究來證實這點。 儘管如此，一些研究確實發現益生菌可能有助於提高情緒和認知功能，降低壓力和焦慮。